木棉的根、茎抽取物可用做收敛剂、镇痛剂等，它的汁液可用以治疗痢疾，它的根皮、茎皮和刺，磨成粉制成药膏可用来治疗粉刺。还有，木棉花真的秀色可餐！据说，每逢木棉花开，村里有不少老人、小孩，见有花坠落便拾起，然后晒干，可以用来泡茶、煲汤、入药。
木棉的树皮广东作海桐皮入药，称广东海桐皮。
味苦，性平，功能祛风湿，通经络，杀虫。治风湿痹痛，痢疾，牙痛，疥癣。
①《海药本草》：主腰脚不遂，顽痹腿膝疼痛，霍乱，赤白泻痢，血痢，疥癣。
②《日华子本草》：治血脉麻痹疼痛，及煎洗目赤。
③《开宝本草》：主霍乱中恶，赤白久痢，除甘匿、疥癣。
牙齿虫痛，并煮服及含之，水浸洗目，除肤赤。
④《纲目》：能行经络，达病所，又入血分及去风杀虫。
⑤《岭南采药录》：生肌，止痛，散血，凉皮肤，敷跌打。
⑥《南宁市药物志》：消肿，散瘀，止痛。疗咳嗽，止产后瘀血作痛。
⑦《贵州草药》：解热祛瘀，解毒生肌。
治乳痈，骨折。